O Colégio organiza-se em diversos departamentos e unidades administrativas que actuam de forma integrada para garantir a qualidade do ensino, a gestão eficiente e o apoio aos alunos e encarregados de educação.

• Departamento Pedagógico: responsável pela coordenação curricular, apoio aos professores e acompanhamento do processo de ensino-aprendizagem.
• Secretaria Académica: responsável pela matrícula, documentação escolar e histórico dos alunos.
• Departamento Financeiro: cuida da tesouraria, propinas e planeamento orçamental.
• Departamento de Recursos Humanos: gere os colaboradores, admissões, formações e questões contratuais.
• Departamento de Pastoral Escolar: promove actividades religiosas, formações éticas e o espírito cristão no ambiente escolar.
• Unidade de Apoio Psicopedagógico: acompanha alunos com dificuldades de aprendizagem e promove o bem-estar emocional.

Essa estrutura administrativa contribui para o bom funcionamento da escola e o atendimento eficiente de toda a comunidade educativa.